1986
宮主李佩蓉的已故父親李文興委由台北德興宮雕刻開光北港朝天宮分靈媽祖一尊(本廟開基媽祖/大媽)，為鎮宅之神祇。
2002
由本廟開基媽祖擇李佩蓉女士為乩士，擔任慈后宮(原稱慈聖宮)創宮宮主，開壇濟世。
2003
成立「慈后宮建廟管理委員會」，由已故張武雄弟子擔任主任委員，並連年舉辦北港朝天后謁祖進香，廣大的信眾誠心迎回祖廟「萬年香火」，使本宮廟運昌隆，香火鼎盛。
購置廟地，由劉陳麗惠家族以行情半價售地，已故李文興弟子和陳仕和弟子合資捐贈寶地。
2004
慈后宮建廟動土興工。
2006
前往台南市開基天公廟接諭旨，改宮名為「慈后宮」，又稱「巷仔內媽祖廟」。
2006
前往台南市開基天公廟接諭旨，改宮名為「慈后宮」，又稱「巷仔內媽祖廟」。
2007
農曆8月13日慈后宮入火安座慶典，北港朝天宮前任曾蔡美佐率董事會觀禮並致贈「神德永光」匾額一面。
本廟與恆春觀林寺、泉南宮、天巡宮義結金蘭、相互扶持、永結同心。
連續三年舉辦澎湖馬公天后宮、將軍嶼天后宮會香祭典，並恭迎馬公天后宮金面媽祖金身回本廟鎮守，神蹟屢屢。
2008
成立「慈后宮第一屆管理委員會」，由弟子林清田擔任第一屆主任委員，並於四月取得政府立案寺廟登記證﹝高市樹寺登字第002號﹞。
加入恆春觀林寺慈善功德會，成立「大樹慈后宮媽祖分會」，發揚善心活動、造福社群。
2009
購置「竹寮里竹寮路122之8號」，並於10月18日舉辦「慈后宮辦公室」落成慶典，以便信眾使用。
2010
本廟3週年廟慶，舉辦平安遶慶典活動。
迎請本廟開基媽祖金身回福建省湄洲天后宮謁祖進香並舉辦回鑾遶境慶典，同時恭迎湄洲天后宮媽祖金身回台鎮守。
2011
購置「竹寮里竹寮路122之9號」，現為「大樹慈后宮莊儀團」。
2013
本廟應北港朝天宮邀請，參加「兩岸千家媽祖宮廟大聯誼」。
2014
本廟榮獲內政部頒發「全國績優宗教團體獎」。
本廟應北港朝天宮邀請，參加「世界中華媽祖文化交流協會」。
本廟應邀參加天津天后宮舉辦「天津媽祖文化季」。
2015
本廟榮獲內政部頒發「全國績優宗教團體獎」。
增建廟前拜亭及牌樓一座，並恭迎朝天宮朝堂媽祖金身及正式分靈莊儀團將軍回廟鎮守，成立「大樹慈后宮莊儀團」，北港朝天宮贈送本廟「海昭神表」匾額一面。
2016
本廟榮獲內政部頒發「全國績優宗教團體獎」。
舉辦「百年首巡香．喜迎北港媽」慶典，祖廟北港朝天宮天上聖母聖駕蒞臨，百年首次巡香本境。
2017
本廟應邀參加「山東媽祖文化季」。
本廟榮獲內政部頒發「全國績優宗教團體獎」。
本廟辦理「媽祖有愛‧同濟LOVE遊-媽祖起駕之夜」暨朴子配天宮、北港朝天宮謁祖進香慶典，獲廣大信眾支持，1800人參加。
舉辦入廟十周年慶典，福建省湄州天后宮祖廟贈「后慈施澤」匾額一面。
廈門銀同天后宮贈「母慈后德」匾額一面。
舉辦「喜迎天后臨」茅港尾天后宮天上聖母聖駕蒞臨，百年首次巡香本境。
三立電視台「寶島神很大」以「服務神明不再是男人的專利，罕見氣質的媽祖代言人」拍攝本廟宮主李佩蓉和巷仔媽的故事。
2018
本廟榮獲內政部頒發「全國績優宗教團體獎」。
本廟辦理朴子配天宮、北港朝天宮謁祖進香慶典，獲廣大信眾支持，1800人參加。
東森財經台「台灣大代誌」以「巷仔媽的故事」拍攝本廟宮主李佩蓉和巷仔媽的故事。
東森財經台「台灣大代誌」以「高雄大樹巷仔媽降駕美女乩童」拍攝本廟宮主李佩蓉和巷仔媽的故事。
本廟應邀參加新加坡「世界宗教和平媽祖文化季-瓊州天后宮165周年暨瓊州樂善居116周年慶典。
2019
本廟榮獲內政部頒發「全國績優宗教團體獎」。
本廟再次迎請開基媽祖金身回福建省湄洲天后宮謁祖進香，受到湄州天后宮、廈門銀同天后宮熱情接待，並接受當地媒體採訪報導。
本廟辦理台南永華宮、東石港口宮、北港朝天宮謁祖進香慶典，獲廣大信眾支持，2200人參加。
舉辦入廟十二周年遶境慶典，首度前往內門順賢宮參香，以半徒步方式走過大樹、旗山、內門，受到沿途宮廟熱情接駕，信徒熱烈參與，全省十多間宮廟讚境，數萬人參加。
承租國有地(713.717地號)為慈后宮停車場並購置「久堂路城隍巷15-2號」作為「慈后宮媽祖文物館」預定地。
2020
本廟榮獲內政部頒發「全國績優宗教團體獎」。
贊境高美西安朝天宮，首次前往白沙屯拱天宮、通霄慈后宮、大雅永興宮參香。
舉辦「眾神齊聚巷仔媽‧賜福庚子平安年」朴子配天宮天上聖母、府城永華宮、開台清水寺聖駕蒞臨。
2021
舉辦「媽祖齊聚澎湖行．海上賜福平安年」澎湖天后宮、將軍嶼天后宮參香活動，全台十間宮廟支持協辦，受到澎湖天后宮蔡光明主任委員率團隊熱烈歡迎接駕，經澎湖天后宮媽祖聖杯聖示，慈后宮六年一期澎湖進香改為三年一期。
本次活動占盡各大新聞媒體版面，民視新聞台獨家報導。
