慈后宮恭奉了一尊來自開台澎湖天后宮的金面媽祖，這也是在台唯一的一尊澎湖媽，稱之為「澎湖老大媽」

民國96年起本廟在大媽的指示下一連三年舉辦澎湖馬公天后宮、將軍嶼天后宮會香祭典，並在因緣際會下恭迎馬公天后宮金面媽祖金身(船仔媽)回本廟鎮守，慈后宮為甚麼會有一尊澎湖媽祖，這是很多人不解的事，原來是回程的船班就要啟程，前張武雄主委正要恭請開基媽祖(大媽)神尊，發現神尊請不動，一行人很著急，佩蓉宮主立刻向大媽請示，大媽表示要迎請澎湖媽祖回台，當時澎湖天后宮管委會表示沒有分靈媽祖可以結緣，最後在大殿上，由澎湖天后宮媽祖作主賜下七聖杯，才同意讓本廟迎請一尊「船仔媽」回台供奉，就這樣結下本廟與澎湖天后宮的緣分。

據澎湖天后宮蔡光明主任委員表示，慈后宮所結緣的「船仔媽」是民國91年澎湖天后宮首創兩岸宗教首次直航，200多人前往泉州天后宮參香，為紀念活動的創舉，委由泉州工匠師傅打造100尊媽祖聖尊，澎湖天后宮依媽祖指示將「船仔媽」跟當地漁民結緣，協助漁民航海順利。本廟有幸能得澎湖天后宮媽祖同意迎請一尊「船仔媽」，因此約定每六年就要回澎湖天后宮謁祖進香，這樣的約定在民國110年本廟舉辦「媽祖齊聚澎湖行．海上賜福平安年」活動，受到澎湖天后宮蔡光明主任委員率團隊熱烈歡迎接駕，澎湖進香活動經平面媒體和電視新聞播報，堪稱是近年來澎湖地區最轟動的一場宗教盛事。在澎湖天后宮管理委員會的盛邀下，經澎湖天后宮媽祖聖杯聖示，慈后宮六年一期澎湖進香改為三年一期。