九天玄女娘娘

慈后宮九天玄女娘娘是民國91年慈后宮創宮之後，經由大媽指示，依指示的時間前往台中龍井朝奉宮恭迎「朝奉宮九天玄女娘娘香火」，委由高雄林邊師雕刻，是本廟第一尊配祀神尊，也是慈后宮地位最崇高的配祀神尊，因此，本廟龍邊偏殿就是九天玄女娘娘的神龕。

創宮之後，擔任本廟副帥，長達五年之久，九天玄女娘娘輔佐大媽降駕濟世，娘娘濟世時，手持佛塵，神威顯赫，醫術高超，專治傷科信徒，不論是腰酸背痛、頸椎脊椎受損、長短腳，許多生病及受傷信徒在娘娘的幫助下，恢復健康，神蹟屢屢。自民國96年本廟入火安座後，本廟改由聖母二娘娘擔任副帥，九天玄女娘娘卸下副帥的職責後，就較少回鑾濟世。但一直到今天，仍然有很多信徒感念九天女女娘娘的恩澤，每年農曆9月初9娘娘誕辰，都會吸引許多信眾前來祝壽。

福德正神

慈后宮福德正神是民國91年慈后宮創宮之後，經由大媽指示，依指示的時間前往車城福安宮恭迎「福安宮福德正神金身」，是本廟第二尊配祀神尊，是本廟地位極為崇高的配祀神尊，廟虎邊偏殿就是福德正神的神龕。本廟信徒喜歡稱福德正神為〝伯公〞，每年〝伯公〞誕辰，都有許多信眾前來祝壽。福德正神主要是掌管人們的財運、事業和學業，並守護人民的居家出入安全，尤其開店業者、企業老闆更視拜〝伯公〞為一大要事，以祈求營運順利。

中壇元帥

慈后宮中壇元帥是是民國91年慈后宮創宮之後，經由大媽指示，依指示的時間前往新營太子宮恭迎「太子宮中壇元帥香火」，委由高雄林邊師雕刻，是本廟第三尊配祀神尊，在本廟有極崇高的地位，本廟信眾喜歡稱呼中壇元帥〝太子爺公祖〞，中壇元帥是本廟天上聖母的先鋒元帥，也是本廟五營兵將的元帥，負責守護本廟所在地域及信眾安全，每年農曆9月初9〝太子爺公祖〞誕辰，許多信眾會準備棒棒糖等壽禮來祝壽。