本廟是朝天宮分靈媽祖廟，每年固定辦理謁祖進香活動，從民國91年起，連續20年不曾中斷，從最初2輛遊覽車到近期動輒50輛遊覽車的大陣仗，20年來本廟從組織到信眾無不對媽祖信仰堅定如山，推動媽祖文化不遺餘力，民國103年本廟恭迎北港朝天宮「朝」字輩媽祖「朝堂媽」金身及正式分靈莊儀團將軍一對回廟鎮守，成立「大樹慈后宮莊儀團」，北港朝天宮贈送本廟「海昭神表」匾額一面，弘道媽祖文化，民國105年舉辦「百年首巡香．喜迎北港媽」慶典，祖廟北港朝天宮天上聖母聖駕蒞臨，百年首次巡香本境，賜福鄉里。
慈后宮巷仔媽北港朝天宮謁祖進香總是吸引許多攝影專家、數位媒體爭相拍攝，來自全台各地的信眾將北港大街擠得水洩不通，非常的熱鬧，大家搶著目睹二媽穿著三寸金蓮的優雅風範；千順將軍莊嚴威儀的步伐；大媽神轎吃炮後在濃煙與火光之間若隱若現。謁祖進香最重要的儀式是調營請火，大媽率委員會及爐下弟子拜父母殿，以吟唱古調傳遞孝道精神，調五營展神威，在師父誦經禮讚後恭請「萬年香火」。謁祖進香不僅僅是朝天宮「萬年香火」的延靈、更是慈后宮一代一代文化傳承和使命，歡迎全台信眾有機會共襄盛舉，一同感受巷仔媽回娘家的獨特魅力！
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